mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGACAGAAGAGAGAGAGCAC GCTCCGCTTCTTCCCATCA TGACAGAAGAGAGAGAGCACGGTATGCTTTTGCGTTGGAACATGCATACGAAAGTAACTAATCATACGATAAATTATCAAAACTACTGTCGATAGAGTAATTAGGAAAACAAACCTTGATGAAAAACACCGGCTGTGTGCTGGGAATTGCGTGTGGTTTCCCAAATAGAGTTCAAAGCAGGTTCGGGTTGAACCAGTTCAGGAACATTGTTAGACACAAAACTTATTTGATGTTGCCCATCATAAAATGATGAAGACTGACTTCTTGAGTTAAAGTGGACAGTTTCTTTTTCTTTTTGTGGCTTTCGGCGACGGGCATTGTGGTCAGAAAGCCTCTGGCGACAGCTCCGCTTCTTCCCATCA 6 3 5' arm Helianthus_annuus pmrd 100 100 -96.4 .((..((((((.(.((((..((((.(.(((((.(((..((((....(((....)))...(((((((((.....((((((..(((.(((....))))))....(((........)))))))))......(((((.....)))))......)))))))))...........((((..(((.(((((.....))))).)))...))))..)))).))).)))))).))))...(((((((....((((((.((.((((((((.((.(((......))).)).)))..))))).)).))))))((((((((((.(((.....))).))).)))))))...))))))))))))..))))))...)). (-96.40)