mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGACAGAAGATAGAGAGCAT GCATCCCTGCAATGTGTACGGCATGAGCTTTGGCATGGTACTCACAAACCTTATGCCGCCGGTG TTGACAGAAGATAGAGAGCATCCATGCATAGAGACCAGCAACACTATTTAAAAGGTTTCAATGGGTGACTTTATTAATTCATTTATATGCTTGCCTCAATGCCCATCTCATTGATGAAATCATTGTCCATGATAGTCAATTGCATTTTTGCGACGCCTCTCATTATGCCCAGCCAGACGCCTCCTACAACTCCTTTTAGAGTCATCAAATTCTGATAGCTCATGGAATCTGCTACATTGCTGGCAAAACCGTTGATGCATCCCTGCAATGTGTACGGCATGAGCTTTGGCATGGTACTCACAAACCTTATGCCGCCGGTGGTACTGCTTAGCCTCACTTAGATCAGCATCACAATTTTCCACCTGACAAGAAGGTGGCACTGAGCTTCCACCTTTAGACCCTCTCTTGCTATATAGATCTGTAACTACTCTCTTTCTTCTACCCTCTTCTTCTTCATCTT 6 170 5' arm Lotus_japonicus pmrd 100 100 -116.53 .....((((((.((((((((((...(((((((((...((...((((((....((((..((((((((((.((....)).)))))))).))...))))(((((..((((.....))))....))))).....))))))...(((((....))))).)).))))..)))))...(((((..............(((.....(((..((((.....))))..)))..))).............))))).........))))).....((((((.((((..(((.(((....((((((((........)))..)))))...(((((....((((((.........(((....)))........((((((.......))))))..))))))..)))))..........))).)))..)))).)).)))).....))))).)))))).................... (-116.53)