mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTCCACAGCTTTCTTGAACTG GTTCAATAAAGCTGTGGGAAG GTCCTCTTTGTATTCTTCCACAGCTTTCTTGAACTGCATTCAATTGCATGCATGCCATGACACTCTTATTTTGCGGTTCAATAAAGCTGTGGGAAGATATAGATAGGG 1 0 5' arm Lotus_japonicus pmrd MIR396 3e-48 lja-MIR396 1e-56 -46.66 ..(((.(((((((..((((((((((((.((((((((((......((((((.....)))).)).........)))))))))).))))))))))))..))))))).))). (-46.66)