mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGGACCAGGCTTCATTCCCC GGAATGTTGTCTGGCTCGAGG GGGGAATGTTGTCTGGCTCGAGGACTCTTTCTTCTCGATCTAATGCAAATTTGTGGTCATGGATTGTAAAGTATTCTCGGACCAGGCTTCATTCCCC 4 0 3' arm Medicago_truncatula pmrd mir-166 1e-46 mtr-MIR166g 8e-48 -42.2 ((((((((..((((((..((((((..((((.....(((((((.((((....))))....))))))).))))..))))))..))))))..)))))))) (-42.20)