mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGAAGCTGCCAGCATGATCTA GGTCATGCTGTGCTAGCCTCACT AAAAGTGAAGCTGCCAGCATGATCTAGGTTTGGTTATACAATAGTAGTATTGAGAAGGAACTATATACGTTTTTTTTTTACTATACCACAAAAAAAGATTACTCTCTTTCACAAAATAGGTATTAAAGTGCCATGATTTTTGCATTACTAATGGGAAAATAAATTTTGGACACCGAATTTCTCACTTTTTTTTTATATAGATAGGAAATAGGTTTTGGTGGTATTTTTTTGTGGTACAGTAAAAAATAGCCGCTATATCCATACAAGTAGTACTGCTAGCATAACCCTGACTAGGTCATGCTGTGCTAGCCTCACTCCTT 1 2 5' arm Medicago_truncatula pmrd MIR167_1 2e-122 mtr-MIR167 1e-123 -106.4 ...(((((.((((((((((((((((((....((((((....(((((((((((....(((....((((((.((.(((((((((.(((((((((((((...............((((((.(((((....)))))...((((((.(((.....))).))))))..))))))..(((((((......((((.((((((((....)))))))).)))))))))))...))))))))))))).))))))))).)).)).))))))).......)))))))))))..))))))....))))))))))))).)).))).))))).... (-106.40)