mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTGTTCTCAGGTCGCCCCTG GGGTCGACATGAGAGCACATG CAGGGTCGACATGAGAGCACATGAAGCTATCATGGTTGTCTATGTTATCCAACTCATGTGTTCTCAGGTCGCCCCTG 2 0 3' arm Medicago_truncatula pmrd MIR398 5e-30 mtr-MIR398b 3e-31 -38.16 (((((.((((.(((((((((((((......(((((....))))).........))))))))))))).)))).))))) (-38.16)