mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCCAAAGGAGAGCTGCCCTA GGGCATGTCTCTATTGGCAGG TAAAGTAAGCAAATCAGTCATAGGGCATGTCTCTATTGGCAGGTGATATGGTGATATTTCATTTGACTTTAAGGCTCTAAAAATTCACTTGCCAAAGGAGAGCTGCCCTACGAGTGTTTAGCTTAAACA 3 0 3' arm Medicago_truncatula pmrd mir-399 0.0001 mtr-MIR399d 3e-69 -48.9 .....(((((.((.((.((.(((((((..(((((.(((((((((((...(((((....))))).((((....)).)).......))))))))))).)))))..))))))).)).)).)).))))).... (-48.90)