mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCCAAAGGAGATTTGCCCAG GGGTGAGTTCTCCATTGGCAGG TCCAAGTTGCAGTTGAATTACAGGGTGAGTTCTCCATTGGCAGGTAGCTAGCCACTATATGATATGCATTGCAATCATCACTTAGTGTGTAATCTGCCAAAGGAGATTTGCCCAGCGATTCTCATGCAACTCTA 4 1 3' arm Medicago_truncatula pmrd mir-399 1e-59 mtr-MIR399e 4e-72 -56.4 ....(((((((...((((..(.(((..(((.((((.(((((((((.((....(((((..((((.(((...)))...))))..))))).)).))))))))).)))))))..))).)..))))...)))))))... (-56.40)