mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGACAGAAGAGAGTGAGCAC GCTCACTCCTCTTTCTGTCACC GGAGAAGCTCTCATGAGATTGACAGAAGAGAGTGAGCACACGGCGTGATGGCCGGCATAAAATCTATCCCGTCCTCGCCGCGTGCTCACTCCTCTTTCTGTCACCCTCTTTCTCTCAGGGCTCAACTCC 0 2 5' arm Oryza_sativa pmrd mir-156 3e-42 osa-MIR156d 3e-69 -63.2 ((((.((((((...((((.((((((((((((((((((((.(((((....((.(((.(((.....))).))).)).))))).))))))))).))).)))))))).......))))..))))))...)))) (-63.20)