mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGACAGAACAGAGTGAGCAC TCTCTCTCTATCTCCCTGCAGC CCCTCTCTCTCTATCTCCCTGCAGCTGCTGCCTAGCTCCAGTACGGCCACCGTCGAACGATCGGTCTCTCTCTCTCACCGGATCCGAGAAGCAAAGAACCGATCTTTTTTCTTCTTTTTTCCCCTGCGTGATGCTTCTTGTTTACTACTACGTGGGTGCAGTGCAAGTTTGTTGATCGATCTTGGGGCGGGGCGGGATCGATCATATGAAAGGCGTAGATTGTTGACAGAACAGAGTGAGCAC 7 4 3' arm Oryza_sativa pmrd 100 osa-MIR156j 2e-19 -71.47 ....(((.((((......(((((((..((((((.((((((...((((....))))...((((((((.....((..(((.(((...((((((.((((((......))))))))))))...)))((..((((..................))))..))....)))..))......)))))))).)))))).))))))....((((.((((.....)))))))))))).)))...)))).)))... (-71.47)