mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGGATTGAAGGGAGCTCTG GAGCTCCTTTCGTTCCAATGA GGTTATGAAGTGGAGCTCCTTTCGTTCCAATGAAAGGTTTATCTGAAGGGTGATACAGCTGCTTGTTCATGGTTCCCACTATTCTATCTCATAGGAAAAGAGATAGGCTTGTGGTTTGCATGACCAAGGAGCCGAATCAACTCCTTGCTGACCACTCTTTGGATTGAAGGGAGCTCTGCATCTTGATC 4 0 3' arm Oryza_sativa pmrd MIR159 5e-85 osa-MIR159b 3e-104 -79.3 (((((.((.(..((((((((((((.(((((.((..((((......(((((((((.(.(((.((((.(((((....((((...((((((((.........))))))))...))))....))))).)))).))).).))).)).))))...))))..)).))))).))))))))))))..).)).))))) (-79.30)