mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATTGGATTGAAGGGAGCTCCT GAGCTCCCTTTCGATCCAATTC GATGAAGAAGAAGAGCTCCCTTTCGATCCAATTCAGGAGAGGAAGTGGTAGGATGCAGCTGCCGGTTCATGGATACCTCTGGAGTGCAGGGCAAATAGTCCTACCCTTTCATGGGTTTGCATGACTCGGGAGATGAACCCGCCATTGTCTTCCTCTATTGATTGGATTGAAGGGAGCTCCTCTAGCTACAT 1 1 3' arm Oryza_sativa pmrd MIR159 1e-104 osa-MIR159e 5e-106 -89.2 .(((.((.(((.((((((((((.(((((((((.(((.(((((((((((..((...((.((.(((..(((((.(.((((.(((((.(.(((((.....))))).).).)))).)))).).)))))..))).)).))..))..)))....)))))))).)))))))))))))))))))))).)))..)).))) (-89.20)