mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGGATTGAAGGGAGCTCTG GAGCTCCTTTCGGTCCAAAAAGG TTGAGCTCCTTTCGGTCCAAAAAGGGGTGTTGCTGTGGGTCGATTGAGCTGCTGGGTCATGGATCCCGTTAGACTACTCCATGTTCATCATTCAGCTCGAGATCTGAAAGAAACTACTCCAATTTATACTAATAGTATGTGTGTAGATAGGAAAATGATGGAGTACTCGTTGGGATAGGCTTATGGCTTGCATGCCCCAGGAGCTGCATCAACCCTACATGGACCCTCTTTGGATTGAAGGGAGCTCTG 2 2 3' arm Oryza_sativa pmrd MIR159 3e-130 osa-MIR159a 2e-131 -109.9 ..((((((((((((((((((..(((((.(((..(((((((.(((..((((.(((((.((((.((((((...((.((((((((.....((.(((((........))))).))......(((.((((((((...........)))))))).))).....)))))))).))..))))))((((.....)))).)))).))))).))))..))).)))).)))..)))))))))))))))))))))))))).. (-109.90)