mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCCTGGCTCCCTGTATGCCG GCGTGCGAGGTGCCAAGCATG GTAGGGGATATGCCTGGCTCCCTGTATGCCGCTCGCATGGCTGCCAACCCAATGAACTCGATCTCGTTGTTGGCCGCTGCGTACGGCGTGCGAGGTGCCAAGCATGGCCCTCTT 3 0 5' arm Oryza_sativa pmrd mir-160 1e-50 osa-MIR160e 3e-60 -59.1 ...((((.(((((.((((.((.(((((((((..((((..((.((((((..(((((........))))))))))).))))))..))))))))).)).)))).))))).))))... (-59.10)