mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGATAAACCTCTGCATCCAG GGGCGCAGTGGTTTATCGATC GGTGATGCCTGGGCGCAGTGGTTTATCGATCCCTTCCCTGCCTTGTGGCGCTGATCCAGGAGCGGCGAATTTCTTTGAGAGGGTGTTCTTTTTTTTTCTTCCTTTTGGTCCTTGTTGCAGCCAACGACAACGCGGGAATCGATCGATAAACCTCTGCATCCAGTTCTCGCC 3 0 3' arm Oryza_sativa pmrd MIR162_2 6e-69 osa-MIR162a 5e-78 -70.49 (((((...((((..((((.((((((((((((..(((((.((.(((((((.(((...)))..(((((((......(..((((((................))))))..)...))))))).)))....)))).)))))))..)))))))))))).))))..))))...))))) (-70.49)