mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGATAAGCCTCTGCATCCAG GGGCGCAGTGGTTTATCGATC TGGGTGATGCCTGGGCGCAGTGGTTTATCGATCTCTTCCCTGCCTTGTGCTGCTCCGATCGATGCCCGTGCTGATTCTTGATAATATACAACGCAGGAATCGATCGATAAGCCTCTGCATCCAGATCTCACTTT 3 0 3' arm Oryza_sativa pmrd MIR162_2 1e-60 osa-MIR162b 4e-72 -52.7 .((((((...((((..((((.((((((((((((..((((.(((.(((((....((.(((((..((....)))))))...)).....))))).)))))))..)))))))))))).))))..))))...)))))). (-52.70)