mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGAGAAGCAGGGCACGTGCT CATGTGCGCTCCTTCTCCAGC CAAACCGTGCTGGAGAAGCAGGGCACGTGCTCGACGGCGGGGCTGGCTGGCCGGCCGGCTTGCAGCATGTGCGCTCCTTCTCCAGCATGGCTTC 2 0 5' arm Oryza_sativa pmrd MIR164 3e-47 osa-MIR164d 2e-48 -61.1 ....((((((((((((((.((.(((((((((.....(((((.((((((....)))))))))))))))))))).)).)))))))))))))).... (-61.10)