mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGAACCAGGCTTCATTCCCC GGAATGTTGTCTGGTTCAAGG TGTTTCTGGGTGGAATGTTGTCTGGTTCAAGGCCCCTTAGGATGTGTGATTTTTGATGGTTTATGCATTCATCTTGATGCGAACATCTATCTCGGATCTTTGGGTTCTCGAACCAGGCTTCATTCCCCTCAGAGATA 4 0 3' arm Oryza_sativa pmrd mir-166 7e-68 osa-MIR166e 6e-74 -62.2 ((((((((((.((((((..(((((((((.((..(((..(((((.((.(((....((((.....((((((......))))))..)))).))).)).))))).)))..)).)))))))))..)))))).)))))))))) (-62.20)