mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGGACCAGGCTTCATTCCCC GGAATGTCGTCTGGCCTGAGA CGATCATCTTGTTGAGAGGAATGTCGTCTGGCCTGAGATCGTACCACAGTGGTGGGTACACGTGGACGGTCTCGGACCAGGCTTCATTCCCCTCAACAACTCGTCGG 4 0 3' arm Oryza_sativa pmrd mir-166 6e-43 osa-MIR166f 4e-56 -59.8 ((((....((((((((.((((((..((((((.((((((((((.((((.(((.......))))))))))))))))).))))))..)))))).))))))))...)))). (-59.80)