mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGGACCAGGCTTCATTCCTC GGAATGGAGGCTGATCCAAGA AGCATGGTGTCTGGAATGGAGGCTGATCCAAGATCATTGCTTGGTGCAAAATACTAGGGCATTGTTGTAAGTGCCATTAGTTCTTTTTTGTTTCCGAGTTTGTTATCGAGGATCTCGGACCAGGCTTCATTCCTCACACCGTGCT 5 0 3' arm Oryza_sativa pmrd mir-166 2e-71 osa-MIR166g 1e-78 -70.6 ((((((((((..(((((((((.(((.(((.(((((...((((((.((((((.(((((((((((......)))))).)))))....))))))..))))))(((....))).))))).))).))).)))))))))..)))))))))) (-70.60)