mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGGACCAGGCTTCATTCCTC GGAATGTTGGCTGGCTCGAGG GGTGGCTTGTGGGGAATGTTGGCTGGCTCGAGGTATCCACATCTTAATTCCTCTCCGGCGATCGAGCCGGCTCGGGCGTGTGGAAGCGTCGGACCAGGCTTCATTCCTCGCAAGCCGAT 5 0 3' arm Oryza_sativa pmrd mir-166 5e-56 osa-MIR166h 3e-63 -67.5 ..((((((((((((((((..(.((((..(((.((.(((((((......(((...(((((......)))))...))).))))))).)).)))..)))).)..)))))))))))))))).. (-67.50)