mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGGATCAGGCTTCATTCCTC GGAATGCAGTTTGATCCAAGA AGATAGGTGTTTGGAATGCAGTTTGATCCAAGATCTGCCTATATATATGGTGTGTATATCATATCTTGTGATATGGGGGATATGCAACAGGTGTGTGACAGGGGTAGGTAGATCTCGGATCAGGCTTCATTCCTCACACCAATAC 4 0 3' arm Oryza_sativa pmrd mir-166 2e-71 osa-MIR166i 1e-78 -66.31 .....(((((..((((((.((((((((((.((((((((((((((((((.((((((((.(((((((....)))))))...)))))).))..)))))).......)))))))))))).)))))))))).))))))..)))))..... (-66.31)