mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CAGCCAAGGATGACTTGCCGG GGCAAGTTGTCCTTGGCTACG GAACGGAATGCAGCCAAGGATGACTTGCCGGTACGTGTATGCATGTTTCAAGGTACTATATGTGCCCCCAACTGTTTTAGATCCATGCTGACATTTTCCGGCAAGTTGTCCTTGGCTACGTCTTGTTC 3 0 5' arm Oryza_sativa pmrd MIR169_2 2e-67 osa-MIR169b 1e-68 -63.4 (((((..(((.(((((((((..(((((((((...((((..(((((..((..(((((.....)))))..(....).....))..)))))..))))...)))))))))..))))))))).)))..))))) (-63.40)