mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGCCAAGAATGACTTGCCTA GGCCGGTCTTCTTGGCTAGCC CTCCCTTTGGTAGCCAAGAATGACTTGCCTATGTGTTTTGCCTTGTGTTGGCTCATCCATCCATCTATCAGCCGTTGCAGATTTGCAGTGGCAGATTAAAGGGTTTCAGAAAGAAATTCTTGTGATGGATGTGCAATGTGGCTGCATGGGCCGGTCTTCTTGGCTAGCCAGAGTGGC 1 2 5' arm Oryza_sativa pmrd MIR169_5 2e-96 osa-MIR169n 1e-97 -82.8 ..((((((((((((((((((.((((.((((((((.....(((.(((....((.((((((((.....(((.((((((((......)))))))).)))..(((((((((.....)))))))))..)))))))).)).))).))).)))))))).))))))))))))).))))))).)). (-82.80)