mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGCCAAGAATGACTTGCCTA GGCCGGTCTTCTTGGCTAGCC CTCCCTTTGGTAGCCAAGAATGACTTGCCTACGCTTTTGCCCTCTGTTGGCTCATCCATCCGTCTATCTATCTGCCATGGCAGATGGCAGATTAAGGGTTTCTGAAAGAAATTCTTGTGATAGGATGTGCAATGAGGCTGCATGGGCCGGTCTTCTTGGCTAGCCAGAGTGGC 1 2 5' arm Oryza_sativa pmrd MIR169_5 5e-94 osa-MIR169o 3e-95 -81.9 ..((((((((((((((((((.((((.(((((.((....(((.((.....((.((((((((.((((..((((((((....)))))))).))))((((((((((.....)))))))))).))).))))).))...))))).)).))))).))))))))))))).))))))).)). (-81.90)