mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTTTTATAACCTGAAACGGGG CCGTTTCATATTATAAGACTT ACGTAAGTAATACTTCCTCCGTTTCATATTATAAGACTTTTTAGCATTGCCAATATTTATATATATATGGTAATGAATATATATATATATATATGGTAATGAATATATATATATATATATATGGGCGCACGCGCGCGCGCCTAAATTCATTAACATCTATATGAATGGGGGCAATGCTAAAAAGTTTTATAACCTGAAACGGGGGGAGTAAATTATAAG ACAAAGCTGGGTACCGGGCCCCCCCTCGAGTTTTTTTTTCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGCAACCAACAGCTTCCCTTATATATATAAATAAATAAATAGAGAGATTACGAATTCAAGAATCAAGCTGCACCTAAACACATTAGGGGAACTCTACCGCTAATCCAAAATATGCTAATCTATCCTGCTTAACGACGATGTCGTAATGGGGGTACAAGGGCCATCATGCCATGCGAAGTGACATCCACAATGCCTCTTCCATTGAGATTTAATTTGTTTGGCGCAGTAACGTAAGTAATACTTCCTCCGTTTCATATTATAAGACTTTTTAGCATTGCCAATATTTATATATATATGGTAATGAATATATATATATATATATGGTAATGAATATATATATATATATATATGGGCGCACGCGCGCGCGCCTAAATTCATTAACATCTATATGAATGGGGGCAATGCTAAAAAGTTTTATAACCTGAAACGGGGGGAGTAAATTATAAGATAGGGGCACATTTCATTAACAACAATGGGGGACAGTCTTGGTTAACCGGCTCACCCACTCGTCAGGATGCCTCTTCCAGGACACTATCCACAACTTCCAGAATTTATCTGCTGATTAACTGAAAAGCTGCATGTTTCATGCTACTAAATAACAATCTTATACTCCAGCTACTAGCTGCTTAAAATAACTTCAGCATCTTCTTTAAGGATCTCACACTCAACTAACTTCTGGGG 2 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 4e-18 osa-MIR819e 1e-20 -93.9 ((....))..((((((((((((((((..(((((((((((((((((((((((..((((((((((...(((.(((((((((((((((((((((((((........))))))))))))))))).(((((((........))))))).)))))))).))).))))))))))..)))))))))))))))))))))))..))))))))))))))))......... (-93.9)