mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTCCACAGCTTTCTTGAACTG GTTCAATAAAGCTGTGGGAAA CTTTGTGATCTTCCACAGCTTTCTTGAACTGCACGCATGATGAATAATCCCTTTGGTTAATTGTGATCTGGTCTCTGAGAGATCGTAGTTAGACTCGATCGGTTGCATTGGCATCAGAGAGAGCAGTTCAATAAAGCTGTGGGAAATTGCAGAG 1 0 5' arm Oryza_sativa pmrd MIR396 9e-83 osa-MIR396a 5e-84 -64.7 (((((..((.((((((((((((.(((((((((.((((((((.((........)).))))..))))......(((((((..(((((.((.....)))))))...(((....))))))))))..))))))))).)))))))))))).))..))))) (-64.70)