mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTCCACAGCTTTCTTGAACTT GGTCAAGAAAGCTGTGGGAAG TGCCATGCCTTTCCACAGCTTTCTTGAACTTCTCTTGTGCCTCACTCACTTTCATTACTGGAGAGATATGCATCATCAGTGGAAGCTTATAGGGAGAGGAGTGCAAGAAGAGGGTCAAGAAAGCTGTGGGAAGAAATGGCA 1 0 5' arm Oryza_sativa pmrd MIR396 5e-75 osa-MIR396c 3e-76 -68.8 .(((((..(((((((((((((((((((.((((((((((.((((.(((.(((((...((((..((........))..)))))))))......))).))))...))))).))))).)))))))))))))))))))..))))). (-68.80)