mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCCACAGGCTTTCTTGAACTG GAAAAGAAAGCTGAATTGTCGA AAAGATGTGCGGGCATGCTTTCCACAGGCTTTCTTGAACTGTGAACTCGTGGGGGTGTATGTGCTCATGTTGGGATTGTGGTCGGTGGCCTCCAATTCTCTGAAAAGAAAGCTGAATTGTCGAGCTCCCCGTTCTGTCTTTG 9 2 5' arm Oryza_sativa pmrd MIR396 1e-69 osa-MIR396d 7e-77 -44.5 ((((((..(((((...((((..((..(((((((((.....(.(((....(((((((...((.((.((((.......))))))))...))))))).))).)....)))))))))....))..))))..)))))...)))))). (-44.50)