mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCAACGTTTGACTGTCCGTCT ACGAATGGTCAAAAGTTGGGG ACAAACCCTGGATTTCCGTGCCAACGTTTGACTGTCCGTCTTATATGAAATTTTTTTATAATTAGTATTTTCATTGTTGTTAGATGATAAATCATGATTAATATTTTATGCGTGACTTATCTTTTTTATAATTTTTTCAAATAAAACGAATGGTCAAAAGTTGGGGGAAAAAAAAAAAAAAAA GAAAGATTACCCTGTGAGGGAAGAGAGCATCCTAGACGCAGCCACCGCTCTGTCGTTCGAGAAGGAGACTGTAATCAGCACCAATCTTCAGTCAGACTTCCGAATGGGCCGCGGATCGAAAGTCTCAGTCAGCGCTAACCTAAACAGCAGGAACCTAGGCCGCTTCTGCGTCAAGACTAGCACTTCAGACCATTCTGAGATAGCCCTGGTAGCTGCGGTTACACTGTTCCAGTTCTTTCTCAGGAGAAGGACAGCATCAACTGATAAAGGTGAGCAACAGTTTGAGTTTGACACTTACTCAGATGAGTAAACGAGTAGGACAAAGAACACAAACCATAGCATGATGCAGATGTTCAGCGACATCAAGATTTTGGGCTACTTGGTGAAAGTTTGGGCGTCCTTCAAAATCTAGGATTCCAACTTGTACAGAATTATTGTATGTCTGATGTATAAATGCAGCATTTTTCTAGCAAAGATGGGCTTATGCCTGATGCAAACTAGGCTGCTATTCCCTCCGTCCCAAAAAAAGACAAACCCTGGATTTCCGTGCCAACGTTTGACTGTCCGTCTTATATGAAATTTTTTTATAATTAGTATTTTCATTGTTGTTAGATGATAAATCATGATTAATATTTTATGCGTGACTTATCTTTTTTATAATTTTTTCAAATAAAACGAATGGTCAAAAGTTGGGGGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAT 3 0 5' arm Oryza_sativa mirnest MIR806 5e-48 osa-MIR812o 4e-17 -40 .((.....))..(((((...(((((.(((((((((.(((.((((.(((((.........................(((((.(((.(((((.(((((..(((....)))..))))).)))))..))).)))))..))))).)))).))).))))))))).))))).)))))............. (-40)