mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ACTTACTCCCTCCGTTCCATA TGGGACGGAGGGAGTATCT GTGAGACTTACTCCCTCCGTTCCATAAAAAACCAACCTAGTACTGGATGTGACACATCCTATTACAACGAATCTGGACATACATCTGTCCAGATTTGTTATACTAGAATATGTCACATCCAGTCCTAGATTCACTTTTTTTGGGACGGAGGGAGTATCTTT ATACCTTTACTGGATACAGAAATATTTGTTTGTGTATAGTGCTGGTGAGACTTACTCCCTCCGTTCCATAAAAAACCAACCTAGTACTGGATGTGACACATCCTATTACAACGAATCTGGACATACATCTGTCCAGATTTGTTATACTAGAATATGTCACATCCAGTCCTAGATTCACTTTTTTTGGGACGGAGGGAGTATCTTTTAGGAATTGAGAGAAATTCACCTACAGTTACATGTTGCACAGTTGGGCATCCTTGTCATCCTGTGCTGTTTAATGTTTATTTATGTTGTTTGACAGTTATTTTTCTTTCAGTTTCGACAGTCTACTGTTGATGTTTGTTACCTGTATATATATAACTATGTAACTATCTCCCAAATCTTAATAAAATTGGATGGCCCTTCCTTCGGCCACCCTGGC 1 2 5' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 1e-45 osa-MIR1442 0.000000000000009 -80.3 ..((((..((((((((((((((((.(((((...((.((((.(((((((((((((.((.(((.((.((((((((((((((......)))))))))))))).)).))).)).))))))))))))).)))).))...))))).)))))))))))))))))))). (-80.3)