mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGGACTGAAGGGAGCTCC AGCTTTCTTCAGTCCACTC TAAGAGAGCTTTCTTCAGTCCACTCATGGGTGGCGGTAGGGTTTAATTAGCTGCCGACTCATTCATTCAAATATTGAGTCCAAAAATTTCAAATCTCAAATGGATTCACTAAACGATTGAATGATGCGGGAGACAAATTGAATCTTAAGCTTCCTGTACTTGGACTGAAGGGAGCTCCCTTTTCTTT TAAGAGAGCTTTCTTCAGTCCACTCATGGGTGGCGGTAGGGTTTAATTAGCTGCCGACTCATTCATTCAAATATTGAGTCCAAAAATTTCAAATCTCAAATGGATTCACTAAACGATTGAATGATGCGGGAGACAAATTGAATCTTAAGCTTCCTGTACTTGGACTGAAGGGAGCTCCCTTTTCTTTCTATCTTTTCCTTTTCTTCATCCTCGAGATCGAGATCTCTATCGTATAGCTTAATTGATTAAACATATGTATTTGTTAAAAGCTTACAATACCCACTTTCTCGATTCTTCTTCTTAATCAGACGTTCAAAGACTTGCCGTCGACATAGCTCAGGTCAGAAGTGATGGAGAGCCTGGACTCAGATTTGTGCAGAGAGGACCCATTTGAAGTAAATTTCAGGTAAAAAAAGAAATGTCTTTTTTTTTTTTTAAATGTTATTAATGTTAGATGATATTAATGTGGGAAGGAAGAAGAATGTGGATTAGGGTTTTTTTTTCTTTTTTTTTTTTGGAAAAAGATGGAATATTTG 2 0 3' arm Cucumis_melo_subsp._melo mirnest MIR159 1e-33 ptc-MIR319a 1e-35 -68.1 .(((.(((((((((((((((((...(((((.(((..((((((((((((..((.(((..(((((((.((...((.((((((((..................)))))))).))...)).)))))))..))).))...)))))))))))).))).)))))...))))))))))))))))).)))...... (-68.1)