mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CAGATTCGTTGTATTAGGAAA CCCTAGTATAACGAATCTAGG CAAGTACTCCCTCCATCCCATAAAAAACCAACCTGGTATTGGAGGTGATATTCCCTAGTATAACGAATCTAGGCAACCTTCTGTTCAGATTCGTTGTATTAGGAAATATCACCTCCAATAGTAGGTTGATTTTTTGTGGGACGAAGGGAGTAATT GAAAACTTACGGGAAGGAATCAGCTACCAAATGGATATCTGACTGGCCCACGTTCTTCATCTCAGTCGCCCAGCTGGTGGATACAACAATGGCGATGATGTGGATGGTTGCGCATTTCTTGTTCCGGAAGAAGTAGAAGTCACCCCTGGAGCCAAGTACTCCCTCCATCCCATAAAAAACCAACCTGGTATTGGAGGTGATATTCCCTAGTATAACGAATCTAGGCAACCTTCTGTTCAGATTCGTTGTATTAGGAAATATCACCTCCAATAGTAGGTTGATTTTTTGTGGGACGAAGGGAGTAATTCAGAAGCATTCAATCCCTTTTCAGACCTCACTTGATGATTCAGGAATCGTGCTTTGCATGACCTCTATGAACATTTTCATTTTTATTGCGTTAAATTGCAAGTAGTGAGATGCTTTGCTGTGTTGTTTCGTTTCCAATAAACTGTAGTTCTTTTCCTTCATTTTTTTTTGTCAATGTTGATGGTTTTCCTGAGTGAACAAGGATATAGATCGTTGTGATTTACGGATTTTGTCAGATCGTGCCGACACCTTGGACACTGACTACTTCAGGGTTACAGCAAGAGAATCTTTGCTTTCCATGTACCCCTACGAACATTTCATTTTCTTGCATTCAATTTGTAGGGATCTTGCTTTCTATATACCTCTATGAACATTTCAATTTTCTTGCA 2 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 2e-83 osa-MIR1442 0.0005 -83.5 ....((((((((...((((((((((((.(((((((.((((((((((((((((.(((((((((((((((((.((((......)))).))))))))))))))))).)))))))))))))))).))))))).))))))))))))...))))))))... (-83.5)