mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AATTCACAGGCCCTATCTTGTG TAAGATAATGCCGTGAATTCG TGCTTTGCGAATTCACAGGCCCTATCTTGTGGTATGAACTAAGTACGCGATGATTTCTGGTACGTATTGGGGGCTTACCATAAGATAATGCCGTGAATTCGTAAAGCGT 2 1 5' arm Oryza_sativa pmrd MIR1428 3e-29 osa-MIR1428f 3e-57 -52.8 .(((((((((((((((.(((..((((((((((((.(..((.((((((....(....).....)))))).))..).))))))))))))..)))))))))))))))))).. (-52.80)