mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AATTCACAGGCCCTATCTTGTG AAAGATAATGCTGTGAATTTG CGCTTTGCGAATTCACAGGCCCTATCTTGTGGTATGAACTGAGTACGCGATGATTTATGGCGCATATTGGGGGCTTACCAAAAGATAATGCTGTGAATTTGCAAAGCGC 3 1 5' arm Oryza_sativa pmrd MIR1428 1e-31 osa-MIR1428g 3e-57 -50.8 ((((((((((((((((((.(..((((((.(((((.(..((.(((((((.(((...))).)))..)))).))..).))))).))))))..))))))))))))))))))). (-50.80)