mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGCGAGTTGGCCCGCTTGC AAGCGGGTCAACCCGTGAACC GGGATTCAGAAAGGAAAGACTTAGGGTTGCAAGCGGGTCAACCCGTGAACCCGCTTATAGGCAAAATTAGTAGGTAACCCGTATAAATGAGTTTATGGATCGACCCACTTGCATCTCTAAGTGCGGCAAATCGGACCACGACGTGAAAACACACGGGTTATCACTTATTTTACATATAAGTAGGTTTGCGAGTTGGCCCGCTTGCATCCCTAGATGCCGTCTTAGCTCTTAACAAGCATG 3 0 3' arm Oryza_sativa pmrd 100 osa-MIR1431 4e-135 -98.9 ...............(((((((((((.(((((((((((((((.((..((((..((((((.(.(((((.(((.((((((((((.............(((.((((((((((((......)))))).))....)))).)))....((....))..))))))))))))).))))).).))))))..))))..)).))))))))))))))).)))))).....))))).(((.......)))... (-98.90)