mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TATGGGACGGAGGGAGTACAC CTATTCTCTTTGTCCCACAAA ACATGCAATACACCTATTCTCTTTGTCCCACAAAAAACCAACCTAGTACCGGATGTGACATGTTCTAGTACTACAAATCTAGACATACATATGTCCAGATTCATCGTACTAGAATATGTTACATCTGGTCCTAGATTCGTTTTTTATGGGACGGAGGGAGTACACGATAGAGATG GGGGACTATACATTTGGCAGCCTTACTTGGCACAATGAAAAGAAGTCGGTGAGAATTCCAATAGCAGTCCGGATTACCATTCAAGATTTCTATGCAGATGTTGCATAACCTGGGTCCAGGGTGAAACATGCAGGAAATAACACAGCGCTCATAGAAACAATAGAGTCTACAGGAGATACCAATTTCCACAGAACTACAGAAGTATTGGTTTTGTGTATTTCTTTATTACCAGAATACAAAAATGTTCAGGTCTATGTTTGCCAACTTTTGAAATATCATGTACCTGCCCCTCCCACCTAACGCAGCATGACAATGACTACAGATAGTTTCAGTTTTGGTTTCACAATGCTTACATGCAATACACCTATTCTCTTTGTCCCACAAAAAACCAACCTAGTACCGGATGTGACATGTTCTAGTACTACAAATCTAGACATACATATGTCCAGATTCATCGTACTAGAATATGTTACATCTGGTCCTAGATTCGTTTTTTATGGGACGGAGGGAGTACACGATAGAGATGTGACAACAAGAAGATGCTCCAACACATTTTGCAAGCTTATTTGCAATCAAAAGTCAAAGTCCCATAGATGATTTTACTTGATGGAAATTCCAGCTGTTTGACCAGTAAGCTGTAAAAAGAAGGGAAGATGACACAAATCGTGTATTATTTAAAGTTTTATAGCTTGACTTCACCTAAAAAAAA 4 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 2e-37 osa-MIR1442 0.000002 -75.3 ..............((((((((((((((((.(((((((.((.((((.((((((((((((((((((((((((....(((((.(((((....))))).)))))....)))))))))))))))))))))))).)))).)).))))))).))))))))))))))))............. (-75.3)