mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AAGTCATCAACAACAAAGTTG ACTTTTGTTTTGGTCATTTTG TTCAACTGAAAAAGTCATCAACAACAAAGTTGTATAACTCATCAATATCTACAACTTTTGTTTTGGTCATTTTGCTATATGG GTCATCGCTAGTCTCATTTTATGAATAAAAAAATCAAAATTATGGCGTTTCATTTTATGATTGAATGAAAAAACTTTAAAATGGCTATAAGTTGGTTTGAACCTACATTACTACAAGAAATATGACCTTCTATGACGAATTTCTCGTAACATCACAGCTATTCGTCATTAGCACATTCCATTTTATGACGATTAATTAGTATGAGATGGGGAGGCTTAGTGACGAAAAATTTTGCTTTAAAAATCATGGCTGGAAATATATTTGTAATATTCTACGTGGTCTAAATTATTCTCTGAAATTTTTTGTGAATTTTCGGAGCTCAATAACTAATTTTCATACCACAAAGTTCATTTTAACCTATTAAAATAAATGGAAAACAAATTAAAATTCCTCTCTATGTACTTGGGCCATTTTCGGCCCAAGTATTACTCTCACCTTCCCTCAGCCTGCAGCCTCTCTCTCTCTTCCTCCCTCTTCAGGCCACCGGCCCAGTCCTTTTGCTCCTCCCTTGCAAGGAAGTCTATTTTTCCTCCCTCTTCTCAATTCAAATAATTTTTCGGTAGTAAATGATTTCAATTGAAACAATTGTTAACAAAAAAGTTGTACAACTTATCAAGATCTACAACTTTTGTTTTGGTCATTTTGCTATATGACTTTGGTTCAATAATTTGAATTTGAATTTCAAATTATAATAACTTCAAACAACATTTTCAAATACTAAATAATTTCAACTGAAAAAGTCATCAACAACAAAGTTGTATAACTCATCAATATCTACAACTTTTGTTTTGGTCATTTTGCTATATGGGCTTTGTTTCAATAATTTGAATTTGGATTTCAAAATATGACAACTCCAACCACATTTTTGAAATACTAAATGATTTCAACTGAAAAAAATATCAACAACAAAGTTGTATAAAATATCAATATCTTTACCTTTATTTTTTGTGCTTTTTTTTTTCATAAAAAGAAGGGGACCACATTTCCCCAAAATTCAACCCCCTTTTTTATTTTTTTTAAATATAAAAAAAAAAAAAAAAATTTTTTTTGCCCCGGGTCCCTTTTCCTCTTTTCCGTTAAAAAAAAAAAAAAACAACCAAAAAATAATGAATATTGAGTTTTATCTTTTTTTTTTTGGTTGTCGTTTTTTTTTTTTTTTTGTTCGCTCCCCGCCCAAAAAAAAAAAAAAAATTATATAATAATTTTTGTCCACCCTCTCTTGAATTTTTTTTTAAATAATTTAATTATAAAATTATTAAATAAAAAAAAAAAAAGAAGACAAAAACGAAGGGGGAAGAAGAAA 1 2 5' arm Oryza_sativa mirnest MIR821 4e-34 osa-MIR821c 2e-20 -13 .((....)).(((((.(((((.((((((((((((...............)))))).))))))))))).)))))......... (-13)