mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGGTAATGCTAGAAAGTCTT GACTTTATAGCATTGTCCACA ATTACTACCTCCATTTCAATTTCAGGCTATAAGACTTTATAGCATTGTCCACATTCATATAGATGCTAATGAATCTAGGCACATATATGTTTAGATTCATATATGAATATGGGTAATGCTAGAAAGTCTTATGATATGAAATGGAGGAAGTATCTTTTG GTTATGCTGATCGATCTGTTAGATGATGACTATACTACTCTGATGAACTATGCGTGGTAACTACAGTCGATCACCTTAATTTGGTTGAATCATATCTTATTTCTTCTATCAGTCTACTACTAGTAATGTGATGATCAGTTCCTACTACTGTAGTGTACTGCGAGTAATGTGGTGATCAGTTAATTAGTTGATTGCGGTTTGAAGTAGCTTAGCTATTACTACCTCCATTTCAATTTCAGGCTATAAGACTTTATAGCATTGTCCACATTCATATAGATGCTAATGAATCTAGGCACATATATGTTTAGATTCATATATGAATATGGGTAATGCTAGAAAGTCTTATGATATGAAATGGAGGAAGTATCTTTTGGTACATATCTGGTTGTGTATATCGTCATTGATCCTTGTTTTTATCTTAAGTATGATGGTATCACCTATATATGAGAAACTGAATGTATGTATTTGTGAACTTTCTGGTACTCCTGAATGCTTTATGAAGATGGTCGATTGGATGAATATTCC 1 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 2e-19 osa-MIR819e 4e-32 -61.6 ..((((.(((((((((((...(((.....(((((((((.((((((((((((.(((((((((........((((((((((((......))))))))))))))))))))).)))))))))))).))))))))))))..))))))))))).))))....... (-61.6)