mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATGAATGTCGGCAATGCTAAA TAGCATTACCGACATTAATAT TCACAACGTCCTCATCGTACCTATTTCCTCCGTTTCATATTGTAAGACTTTTTAGCATTACCGACATTAATATATATATTAATGAATCTAGACATATATACATGTTTAGATTCATTAACATCTATATAAATGTGGGAAATACTAGAAAGTCTTGTAATATGAAACGGAGGGAGTATATATATGTCTAGATTCATTAGCATACGTATGAATGTCGGCAATGCTAAAAAGTCTTATAATATAAAACGGAGGGAGTATCTATGATAAGGCATGTAAA GAGACGGGGCCGGACCTGACCAACGTGTGGATGGAGCTGTCAGTGCCGAGGGAATGGATCCCGGTCGAGGCCTTCCTTGTGCACCTTGGCTCTAGCAGGTTCTTCGTGGCCAGATTCTTCCAAGAGCTAGTCGAGGTGCGCTGCGACTTCTCGCAGCGGTTCGACAGGTTCGCTGTCTTCACCGGCGTTGAGCTGGAGCGCACCTCCCGTGGTGAGCTCCGGATGATCAAGCACAAGTCGGAGCGTTACAGCATCGCTCACAAAGTCCTCTGCCATAGTGTTCTTTGATTTCACAACGTCCTCATCGTACCTATTTCCTCCGTTTCATATTGTAAGACTTTTTAGCATTACCGACATTAATATATATATTAATGAATCTAGACATATATACATGTTTAGATTCATTAACATCTATATAAATGTGGGAAATACTAGAAAGTCTTGTAATATGAAACGGAGGGAGTATATATATGTCTAGATTCATTAGCATACGTATGAATGTCGGCAATGCTAAAAAGTCTTATAATATAAAACGGAGGGAGTATCTATGATAAGGCATGTAAACAATCAATTATTTGGTTGGTGAAGATGAGTTAGCTGGAGTATTTTGAAATTATGCAATTTCTTGTAATACTCTGTATTTTCAAACAGGAAATTGGAAAATAGATGCTCCCTCTTTAGTTCATTGGCAAAAAAGAAGTGAATATTGTTTTGTTCATTTGGCCTGTCTCTAGACTATAATGAATACTCAGGAGTATCATTCATTGCACAAAAAAAAA 2 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 1e-40 osa-MIR819b 2e-41 -104.7 .....(((((((.((((((..((((((((((((((.(((((((((((((((((((((((.((((((((.((((.(((.((((((((((((((((((((((.((.(((...(((((..(((...........(((.....)))..........)))...)))))...)))...)).)))))))))))))))))))))).))).)))).)))))))).))))))))))))))))))))))).))))))))))))))..)))))).))).))))... (-104.7)