mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTCTTATAACCTGAAACGGAG CTGTTTCATATTATAAGATTT ACGATATATCCTCTGTTTCATATTATAAGATTTTCTAGCATTATCCACGTTCTCATATATATATATATATATATATATATATATATATATATGAATGAATGAATGTGGTTAATATGTTAGAAAGTCTTATAACCTGAAACGGAGGGAGCAGTA CCGAGGTGTAGCAGCCTAACCTAAGCTTCGCTACTACTCGCCGTACGTACGTACGCGGCAAAACGAATCTAAGCTAAGCTAGGGGAACAATGCGATGCTGATACACTACTACCGGTTTCGTGTCACAACTAGCTTGGTGTTTTTTTTGTTTGTTTGTATTCCCTCCATCTCAATATATAAGAGATTTCGAAGTAATACGATATATCCTCTGTTTCATATTATAAGATTTTCTAGCATTATCCACGTTCTCATATATATATATATATATATATATATATATATATATATGAATGAATGAATGTGGTTAATATGTTAGAAAGTCTTATAACCTGAAACGGAGGGAGCAGTATTATAAATCTGGACAAATTTTCTTTCTAGATTCGTAATACTAATATGTATCATATTCTTCTAAAATCTCTTATATTATGTAACGGAGGGGTACTGCGTGTCATTTTTCCTTGCTGCTTGCCTGCATGGTACTAGTAGGCTGGTAATTGTACTTGGCAACCAGTATCGTCACGTAGACTTTGTCAGGTATACTGTTGCACGGTTGCAGTGTTGCGAAGTTGCAACAGTGGAGATGTGTGGCACTGGTGCACTTTTTGTCCACCAGTACTTCAGTAGTTTCAGTATTGGCTCTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA 2 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 0.0000000006 osa-MIR819i 0.0000000005 -62 ........((((((((((((..(((((((((((((((((((...((((((((((((.((((((((((((((((....)))))))))))))))).))))..)))))))).....)))))))))))))))))))..))))))))))))....... (-62)