mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGAAAGGCTATTCCTTGGTC TCAAGGGTTCCCTTCCAAGG GTGATCTTCTGGATCAAGGGTTCCCTTCCAAGGGCTTTTTGAAAGGCTATTCCTTGGTCAGTTTTCACC CCAGATTGTTGGTTCACTTTCAAATGCGGATGTTGTACACACTCCGTAACAGGAGATATAGTGATCTTCTGGATCAAGGGTTCCCTTCCAAGGGCTTTTTGAAAGGCTATTCCTTGGTCAGTTTTCACCTTTTTACCTTGTGGAGCCCCCCTTTTCATTTCCATATCCTTGATTTTTGAAGAAGCTGATGCTAATGGAAGAATTCACTTTTTTGGTTTAAATAAAGCCGGTTTGTGTTAG 4 1 3' arm Mus_musculus mirnest 100 cfa-mir-488 0.0002 -20.6 ((((....(((.((((((((...((((.((((.....)))).))))....)))))))))))...)))). (-20.6)