mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACAGTATAGATGATGTACT GATATCATCATATACTGTAAG GGACCTTGGCTGGGATATCATCATATACTGTAAGTTTGTGATGAGACACTACAGTATAGATGATGTACTAGTCTGGGTA CTGGACGAGGCTCCAGCTCCACTCCAGCTCCAGGCCTGCTGCTCACCTCCTCCTCCAGGACCTTGGCTGGGATATCATCATATACTGTAAGTTTGTGATGAGACACTACAGTATAGATGATGTACTAGTCTGGGTACCCCACCTCCAGAGCCTGCCTGGTTTGCAGCAGAGATGCAGAAGTACACGGGCTCACTGCT 1 1 3' arm Mus_musculus mirnest mir-144 2e-32 rno-mir-144 9e-38 -31.3 ..((((.((((((.((((((((.(((((((((.((((......))))..))))))))))))))))).)))))).)))). (-31.3)