mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCTGTTGTGCAGAGCTGTGCT CACAGCACTGTCCAACAGGGG TGTGTATCAGTTCACAGCACTGTCCAACAGGGGCAGGTGTGGTGCCTGTTATGTGGGTCCCACCAAATGCTATCCACATGCAAACCTCCAAGTTCCTGTTGTGCAGAGCTGTGCTATAACCTCA CTCTTAGTGTTTGGAAGCCAGAAGTTGGACCCTAATAGAGATGGGAGCCTGGCTTTCAGGTCACACACAGAGTGTACAACAAACCCCCCGACCTGTGTATCAGTTCACAGCACTGTCCAACAGGGGCAGGTGTGGTGCCTGTTATGTGGGTCCCACCAAATGCTATCCACATGCAAACCTCCAAGTTCCTGTTGTGCAGAGCTGTGCTATAACCTCATCAGCCCATCAGGTACCTAGCTGGCCTCCAAGCCCCACTTGGCCCGTTCTCTTCTGTGGGTTATGTACCAGGGTACAGGGGTACCCAGACAGCCTCCCAGGGGGGAATTAAAGGGCACCGAGAGATGGAATTACCCATTTTCTTATCCTCTCTTCCACTGCTTTATGTATCTACGTCTTCATTCTACCCAGTTCCTATTCCCAACCCTCCACAGGTATCCACTTGGATGTGAGGAATATATCTAATACAGAGGCTCTACAC 4 0 3' arm Mus_musculus mirnest 100 100 -41.5 ............((((((.((((.((((((((((.((...(((...(((.((((((((..((.....))..))))))))))).))).))..)))))))))).)))).))))))........... (-41.5)