mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGAGAGATGGCTCAGCAGTT TCACTGAGCCATCCTTCCAGC ATTGTGCAGCAATCGCTCCTAATCACTGAGCCATCCTTCCAGCCCCCAGGTTCACGGTTTATAGGAGAATGGAGAGATGGCTCAGCAGTTAAGAGTACTCACTGTTTTT GACTCTGGGGCTACAGTCATGCACGAGACCGTGCCAGTTTGTTATGTGAATGCTGGATTCCAAGCTCAGGTCCTCATAATTGTGCAGCAATCGCTCCTAATCACTGAGCCATCCTTCCAGCCCCCAGGTTCACGGTTTATAGGAGAATGGAGAGATGGCTCAGCAGTTAAGAGTACTCACTGTTTTTCCAGAAATCCAGGTTTGTTTTAAATTTAGTTTATTTATGTATGAGTGATCTGTGTGCGTATATGTGCATGCCAGGCGAGGGCCTCAGATTCCACTACAGATGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTGC 3 0 3' arm Mus_musculus mirnest tRNA 0.000006 mmu-mir-3473 0.0003 -31.4 (((((...))))).((((.((((..((((((((((.(((((.((.((........))......))....))))).))))))))))..)))).))))............. (-31.4)