mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTAATGTTGTTGTTGTTGCTG GTAATTCAATTACAGAAAA AGAAACACAGTAGTAATTCAATTACAGAAAACAAGGGCTTTTAATATTTTCTTACCATCATTTCTATGCATGTAAGCACTAGACCTTTGATTTGCACTATCTAAGACTGTGTTGTACCTGATTGAGGTTTTTTTTTTAATGTTGTTGTTGTTGCTGTTCTGTTTT TTGCCCTGTCACATTTTAAATTGTGTTGTAAATGTGTCTATACAGTAGTTAGAAAGTCATTCGCTCTTAGAGAAACACAGTAGTAATTCAATTACAGAAAACAAGGGCTTTTAATATTTTCTTACCATCATTTCTATGCATGTAAGCACTAGACCTTTGATTTGCACTATCTAAGACTGTGTTGTACCTGATTGAGGTTTTTTTTTTAATGTTGTTGTTGTTGCTGTTCTGTTTTGCTTATTTATTTTCCCCCTTTATTAAAAATAGATATTTCTCTTACATAATATATTCTAATTGCTGTTTCCCCTGTATTTCTCCAAATTCCTCCCCACCTCACCTCCCATCTAGATATACTCCCTTTCTGTCTCTCATTAGAAAAATTAACAGACATCTAAGGAATAATGACAGGCTAAAATATGAGATAAACCAAAAGCTAACACATTGGAATTTGACAAAGCAAATAAACAGAAAGACAACTTATTGGAGTCATTTCTCACTTCTACAGTGGATTCCAGGCAGCAAACTCATGCTGCTGGGCTTTGCAGCAAGCACCTATATCCACTATGCCATCTCACCAGCCCAGTAAC 3 2 3' arm Mus_musculus mirnest 100 100 -30.7 .((((((.(((((((((.((((.(((.((((.(((((((((....(((....(((.((((..(((((((......))).))))....))))..((((..((...))..)))).)))...))).))))))))).))))..))).))))..))))))))).)))))) (-30.7)