mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGGCAGAGGCTGGCAGATCTC GATCTGCCTCTTTTTGCAGGG TGAACTTACAGAGATCTGCCTCTTTTTGCAGGGCTCTAAGGTTTGTATCATTGTCTTTGGCCAAACACTGATATTAATGCTCTTTAAAGGAAGAGAGGAGATTTGCGTGGTGATGGCACACACTTTTAATGCCAGCACTCATGAGGCAGAGGCTGGCAGATCTCTGTGAATTT TCTCACCTTCCAGTGCTGACCTGCTTGGACCCTGTTGTTCTTGAACTTACAGAGATCTGCCTCTTTTTGCAGGGCTCTAAGGTTTGTATCATTGTCTTTGGCCAAACACTGATATTAATGCTCTTTAAAGGAAGAGAGGAGATTTGCGTGGTGATGGCACACACTTTTAATGCCAGCACTCATGAGGCAGAGGCTGGCAGATCTCTGTGAATTTGAACCCACCCTGGTTTACAGAGCTATTTTAGGACAGCTAGGGGTACACAGAGAAACCTTTTCTTTAAAACTCAATT 4 0 3' arm Mus_musculus mirnest Metazoa_SRP 0.0006 mmu-mir-3470a 0.0000000006 -57.2 .(((.(((((((((((((((..(((((((.((.((((...(((.((((((.(((..........))).)))))).))).((((((....)))))).))))..)).(((((((.(((((...........))))).))).))))..)))))))..))))))))))))))).))) (-57.2)