mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGAGTTAATTAAGTTTTTATG AGGAAATTTGATAACTGTTT GATGAATTATGATTTGTTCTTTGAGTTAATTAAGTTTTTATGTGTTAAGGAAATTTGATAACTGTTTATAAGGACACTTGATACT GTTTCGGGCGGAACCGCAGCAACTTTGGAGCTTCTCTCCGGCGGCCGGCGAAGGCTTCTTCCGGCGAATCTTGCGGATCCGAGCTCTCCTCGTCAAGGAGAACACCCGGAAAGGAAGGGATCGCCGAGATTTTCACCTTCTCCGAACCCTAGAAGCTTTAGAATCCTCTTTTCCGGTTGTAAGTTCAAAACAGCGAGATAAAGAAAAAGGAAAGCTAATATGAAGGAAGGCGACAAGGAGATGCAAGAGGGGTGTGTGATGTCTGCACTATGGAAGTTCTAGGGATCCTTGCGAATAAGATGAATTATGATTTGTTCTTTGAGTTAATTAAGTTTTTATGTGTTAAGGAAATTTGATAACTGTTTATAAGGACACTTGATACTATGTTTGCT 5 1 5' arm Curcuma_longa mirnest 100 100 -11.9 ..............(((((((..(((((.((((((((((.........)))))))))))))))......)))))))......... (-11.9)