mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCTGTGTTGTTTTTTGTTGTG GAACTTTGAGTAGTATTTGGGG TAAATTTTGCTATGAGGCCATGATTTCTGGTTCCTGATGTATCTCTGTTCACTATCTTCTGTGTTGTTTTTTGTTGTGGTCAATGTGATTGGAACTTTGAGTAGTATTTGGGGGTACTTCTAAGTGGGAAGCATTACACTTTGCCAAATCATGTATTTATTCCTGAT TAAATTTTGCTATGAGGCCATGATTTCTGGTTCCTGATGTATCTCTGTTCACTATCTTCTGTGTTGTTTTTTGTTGTGGTCAATGTGATTGGAACTTTGAGTAGTATTTGGGGGTACTTCTAAGTGGGAAGCATTACACTTTGCCAAATCATGTATTTATTCCTGATTAAAGTAAAACTAATACTTAC 5 1 5' arm Mus_musculus mirnest 100 100 -29.4 ...........(((((..(((((((..((((...((((((.((((.......(((((((.(((((((((...(((.((((((...)))))).)))...)))))))))..))))))).........)))).))))))......)))))))))))..)))))....... (-29.4)