mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGCGCCTTCCTCAGCTCGCTG CTGTGCTGGCAGGGGTGGGTTCTGC AGATCTTTAGCAGCGCCTTCCTCAGCTCGCTGGTCTCTGCAGAAGATCTCTGTGCTGGCAGGGGTGGGTTCTGCTGCATACT TTTTTTTTAAAATTTTATTTAGAAAGGCTAACCATATTTATTTGTCATTTTTTCTTCAGCTTTAAGGAAAATAGTTTAAAAAACATAAAACTGTAAATACACTCAAGAGTAACTGCTATTAAACAGTTCTGAACAGGCAGAAAGAGTACTTTCCTTTTACAGAAAACGTTAAGTCTGTAATAGCAGCATAATTTATATATAGAAAAAAGCTGGCTTTGAAACCCCAGACTTTTGGATACATAAAACATTTCCCTCCTTTTTCTATACAACACAGCAATGCTTTCCGGGAAGGCTTCTTCACGTTATGGTCCATCCCACGGTTGGCAGTTCCCCANCATCAGTGGGCTCCAGGCCAGCCGTCAGTCCAACACCANGGCCGACAGGGCATTCAGGTCTTTCATGTACGGATGAGCTGCCAGGATCTGGTCGATCTTCAGCTTTTGCTCAGAGTCANGGAAGATCTTTAGCAGCGCCTTCCTCAGCTCGCTGGTCTCTGCAGAAGATCTCTGTGCTGGCAGGGGTGGGTTCTGCTGCATACTTGGGAGGGGTGGCCAGAGCTGTGAAAGTGGGACTGCTGGGGAAGCCAAGGGCCTTGAAAAGTCTGCATTTCGGGTGGAGGGCTG 5 0 5' arm Mus_musculus mirnest 100 100 -28.9 .......((((((.((((.((((.(((.((.(((((.......))))).....)).))).)))).)))).))))))...... (-28.9)